Основным источником занесения микрофлоры на поверхность зерна является почва, а из зерна микроорганизмы попадают в муку. Микрофлора из свежемолотой муки в основном представлена микроорганизмами перерабатываемого зерна. Основная их масса состоит из бактерий, среди которых преобладает Erwinia herbicola. На втором месте находятся спорообразующие бактерии: картофельная и сенная палочки. В небольших количествах в муке находятся B.cereus, различные микрококки, молочнокислые и уксуснокислые бактерии, а также дрожжи и плесени. Среди плесеней преобладают виды Penicillium и Aspergillus, встречаются мукоровые грибы.
Степень обсеменения муки микроорганизмами определяется не только степенью обсеменения перерабатываемого зерна, но и способом очистки, режимом увлажнения, способом помола и продолжительностью отлежки. Чем ниже сорт муки, чем больше в нее попадает частиц зерна, тем больше содержится в ней микроорганизмов. Количество спор плесеней в муке всех сортов превышает содержание их в перерабатываемом зерне (чем ниже сорт, тем больше плесеней).
Мука - продукт, менее стойкий по отношению к микробной порче, чем зерно и крупа, так как питательные вещества в ней более доступны микроорганизмам. С повышением влажности муки выше 15 % микроорганизмы, находившиеся в неактивном состоянии, начинают развиваться. Многие микроорганизмы в муке обладают протеолитической и липолитической активностью, способны осахаривать крахмал. Хлебопекарные свойства муки при развитии микроорганизмов снижаются. Основная масса микроорганизмов, содержащихся в муке, начинает накапливаться еще в зерне во время уборки. Плесневелая мука не безопасна, в ней обнаруживают различные виды плесени, способные продуцировать микотоксины, многие из которых термостойки и могут сохраняться в хлебе.
При оценке качества муки бактериологическим методом на определение картофельной палочки (B.mesentericus) следует придерживаться следующих показателей: мука с титром B.mesentericus-0,1 - слабозараженная; мука с титром B.mesentericus-0,01 - среднезараженная, мука с титром B.mesentericus -0,001 - сильнозараженная.
Микробиологические показатели по санитарным правилам нормируются только в муке, используемой для детского питания (такие как КМАФАМ, БГКП, плесени, дрожжи, патогенные бактерии, в т.ч. сальмонеллы).