Одним из показателей безопасности, определяемым в рапсе и продуктах его переработки, является содержание изотиоцианатов. Это вредное вещество содержится в растениях семейства крестоцветные и может отрицательно сказаться на здоровье животных, если его значение превысит предельно допустимый уровень. К тому же повышенное содержание изотиоцианатов ухудшает качество кормов, придавая им неприятный горький  привкус.

Изотиоцианаты выделяют путем ферментатирования и перегонки экстракта и оттитровываются водным раствором перманганата калия.

За 11 месяцев 2012 года Новороссийский филиал ФГБУ «Центр оценки качества зерна» провел 18 исследований на этот показатель. Превышений предельно допустимых норм не выявлено.