В последнее время появились новые проблемы в обеспечении микробиологической безопасности муки и хлебобулочных изделий, так как во всем мире активизируется процесс приспособления различных микроорганизмов к среде обитания.
   Большинство выпеченных хлебобулочных изделий безопасны для человека, в них отсутствуют патогенные микроорганизмы, так как они проходят тепловую обработку и имеют небольшую влажность.  Микробиологическая безопасность хлебобулочных изделий зависит от вида и количества микроорганизмов, а также способности их развиваться в готовых изделиях.
   В целом плесневение хлеба зависит от степени обсемененности муки, микробиологическая стойкость готовых хлебобулочных изделий при хранении снижается. Поскольку источником заражения муки споровыми бактериями является зерно, то микробиологическая стойкость хлеба зависит от него. Употребление хлеба, содержащего спорынью (Cloviceps purpurea), вызывает боли в желудке, рвоту, судороги. Попадание спор грибов рода Fusarium парализует иммунную систему организма человека. Споры головни придают муке головневый запах, из нее плохо пропекается хлеб.
Известны вредные для организма человека болезни хлебобулочных изделий:
   Картофельная болезнь» хлеба - вызывается спорообразующими бактериями (Bacillus mesentericus). В хлебе мякиш становится липкий и коричневый.
   Плесневение хлеба - вызывается плесневелыми грибами: рода Aspergillius, Реnicillium, Mucor. Тягучая болезнь хлеба – вызывается спорообразующими бактериями — сенная палочка (Bacillus subtilis). В мякише образуются нити. Мякиш становится липкий, развивается посторонний запах.
   Меловая болезнь хлеба - вызывается дрожжеподобными грибами: Endomyces fibuliger, Monilia variabilis, которые попадают в хлеб с мукой. Признаками меловой болезни являются белые пятна или меловидный налет белого цвета. Меловая болезнь не представляет опасности для человека.
  «Чудесная палочка» - болезнь хлеба вызывается безспоровыми бактериями Micrococcus prodigiosum и образуется пигмент красного цвета, разлагает белки. Так же причиной красных пятен в хлебе может быть развитие грибных микроорганизмов- Oidium auranticum.
  «Кровяная болезнь» хлеба - вызывается дрожжами рода Rhodotorula, образующие на мякише хлеба слизистые пятна красного цвета. Употребление такого хлеба может вызвать отравления.
  «Пьяный хлеб» - болезнь вызывается грибами рода фузариум Fusarium Graminearum, которые попадают в муку из зерна и могут вызвать острое отравление. Употребление «заболевшего» хлеба не пригодно к употреблению в пищу.
   После выпечки хлебобулочных изделий, микроорганизмы практически отсутствуют, но в процессе хранения, транспортировки и реализации в торговой сети может произойти заражение хлебобулочных изделий микроорганизмами, в том числе и патогенными. Источниками заражения может быть нарушение технологического процесса, неправильно составленная рецептура, загрязненный инвентарь, руки персонала, воздух помещений, несоблюдение других санитарных условий. Поэтому, специалистам лабораторий необходимо осуществлять микробиологический контроль и своевременно выявлять причины микробиологической порчи муки и хлеба. Существуют примерные микробиологические нормы для муки. При наличии в 1 г до 200 спор мука считается нормальной, при содержании от 200 до 1000 спор мука относится к сомнительной. Мука, содержащая более 1000 спор в 1 г, считается опасной, так как может приводить к возникновению «картофельной» болезни хлеба.
   Специалисты испытательной лаборатории Ростовского филиала ФГБУ  «Центр оценки качества зерна»   проводят  исследования по предупреждению   «картофельной болезни» в муке, в хлебе технологическим методом  и микробиологическим методом  на питательные среды.